Pada tahun 2028 Program Studi Magister Filsafat akan menjadi pusat pendidikan filsafat di Indonesia Timur yang menghasilkan lulusan magister filsafat yang mampu mengembangkan ilmu filsafat, mampu memecahkan persoalan kemanusiaan berlandaskan pada kearifan lokal dan spiritualitas Kristiani, dan mampu mengolah penelitian dan pengembangannya yang bermanfaat bagi masyarakat dan keilmuan”.